গণপ্রজাতন্ত্রী বাংলাদেশ সরকারের Rules of Business 1996 (জানুয়ারি ২০১২ পর্যন্ত সংশোধিত)-এর Schedule I (Allocation of Business Among the Different Ministries and Divisions) অনুসারে প্রতিরক্ষা মন্ত্রণালয়ের কার্যাবলি নিম্মরুপ:

1. বাংলাদেশের প্রতিরক্ষা;
2. জাতীয় জরুরি অবস্থা/যুদ্ধ ঘোষণার পরিপ্রেক্ষিতে প্রতিরক্ষা কর্মবিভাগসমূহের পরিকল্পনা, সমন্বয় ও সমবেত করার ব্যবস্থা করা এবং বেসামরিক প্রশাসনের সাহায্যার্থে নিয়োজিত থাকাকালে প্রতিরক্ষা কর্মবিভাগসমূহের কার্যাবলি সমন্বয় ও নিয়ন্ত্রণ করা;
3. সেনা, নৌ ও বিমান বাহিনীর পূর্তকর্মসমূহ;
4. গুপ্ত দলিলপত্র প্রস্তুতকরণ;
5. আন্তর্জাতিক রেডক্রস এবং জেনেভা কনভেনশন, যতদূর তা যুদ্ধরতদের সঙ্গে সংশ্লিষ্ট;
6. মন্ত্রণালয়ের অধীন বাহিনীসমূহের বীরত্বপূর্ণ কাজের জন্য পুরস্কার ও ভূষণ প্রদান;
7. সামরিক ভূমি ও সেনানিবাস;
8. আবহাওয়া পর্যবেক্ষণ;
9. সশস্ত্রবাহিনীর সকল কর্মকর্তা ও কমর্চারীর দণ্ড মার্জনা, বিলম্বন ও বিরাম;
10. জাতীয় কর্মবিভাগসমূহ এবং বাংলাদেশ জাতীয় ক্যাডেট কোর;
11. ক্যাডেট কলেজ সংক্রান্ত বিষয়সমূহ;
12. মহাকাশ গবেষণা ও দূর-অনুধাবন সংস্থা সংক্রান্ত বিষয়সমূহ;
13. প্রতিরক্ষা হিসাব থেকে ব্যয় নির্বাহকৃত বেসামরিক কর্মবিভাগসমূহ;
14. জলভাগ সম্পর্কিত জরিপ এবং নৌপথ সংক্রান্ত মানচিত্র প্রণয়ন (বাংলাদেশের অভ্যন্তরীণ জলভাগের জরিপ ও অভ্যন্তরীণ নৌপথের মানচিত্র প্রণয়ন ব্যতীত);
15. বাংলাদেশ জরিপ;
16. আন্তর্জাতিক সংস্থাসমূহের সঙ্গে লিয়াজোঁ এবং এ মন্ত্রণালয়ে বরাদ্দকৃত বিষয়সমূহ সম্পর্কে অন্যান্য দেশ ও বিশ্ব সংস্থার সঙ্গে চুক্তি ও সমঝোতা সম্পর্কিত বিষয়সমূহ;
17. এ মন্ত্রণালয়ে বরাদ্দকৃত বিষয়সমূহ সংক্রান্ত সকল আইন;
18. এ মন্ত্রণালয়ে বরাদ্দকৃত যে কোন বিষয়ে তদন্ত ও পরিসংখ্যান;
19. আদালতে গৃহীত ফি ব্যতীত এই মন্ত্রণালয়ে বরাদ্দকৃত যে কোন বিষয় সম্পর্কিত ফি;
20. সশস্ত্র বাহিনীসমূহের বাজেট, আইনগত ও সংবিধিবদ্ধ বিষয়সমূহ।